Passano mille anni dal grande sonno del mondo. Il Cristallo si risveglia seguendo la stilla di speranza degli ultimi suoi figli. Il fuoco scioglie il freddo, i mari tornano ad agitarsi, la terra si scuote di dosso i ghiacci e l'aria calda soffia su ogni città. L'umanità si risveglia, conservando i ricordi di mille anni prima, ma senza più la Paura del Mana. Di nuovo i ricordi della magia sono cancellati, ma le città degli uomini tornano a crescere prosperose. La Terra sembra di nuovo un posto sicuro. Il primo luogo del mondo a divenire prospero è Tokyo, che diviene il centro della nuova umanità e raccoglie così stranieri da ogni parte. Il Giappone è cambiato e tutto il mondo sembra essere cambiato con esso.


Tuttavia, la nascita di Sheena Nei, incarnazione della vecchia reggenza del Silver Millennium e futura Imperatrice del Giappone, porta con sé anche il nuovo lento risveglio delle forze magiche. Le faide e le antiche lotte sono ricominciate e hanno a Tokyo il nuovo grande epicentro. I Fiori del Male sono tornati sulla Terra, ritrovando il loro Eden. I Custodi del Primordio – ancora conosciuti e chiamati di tanto in tanto con il nome di Beast – hanno risvegliato le proprie stelle e proteggono la magia, loro fonte di esistenza. La Setta viene posta a protezione degli equilibri della città e del mondo. Mentre i Paladini ed i Guardiani pattugliano le strade per proteggerle dal Caos. Ma tra le fila dei Lancaster si risvegliano i propri figli più importanti ed i Demoni tramano già la loro vendetta sul mondo.